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特別天然記念物| 名称 | 写真 | 指定項目 | 場所 | リンク | |
| 1 | 日光杉並木街道附並木寄進碑 |  | 特別史跡・特別天然記念物 | 栃木 | |
| 2 | 上高地 |  | 特別名勝・特別天然記念物 | 長野 | |
| 3 | 黒部峡谷附猿飛ならびに奥鐘山 | 特別名勝・特別天然記念物 | 富山 | ||
| 4 | 田島ケ原サクラソウ自生地 |  | 特別天然記念物 | 埼玉 | |
| 5 | アマミノクロウサギ | 特別天然記念物 | 定めず | ||
| 6 | 阿寒湖のマリモ | 特別天然記念物 | 北海道 | ||
| 7 | 野幌原始林 | 特別天然記念物 | 北海道 | ||
| 8 | コウシンソウ自生地 | 特別天然記念物 | 栃木 | ||
| 9 | 八代のツルおよびその渡来地 | 特別天然記念物 | 山口 | ||
| 10 | 青島亜熱帯性植物群落 | 特別天然記念物 | 宮崎 | ||
| 11 | 都井岬ソテツ自生地 | 特別天然記念物 | 宮崎 | ||
| 12 | 鹿児島県のツルおよびその渡来地 | 特別天然記念物 | 鹿児島 | ||
| 13 | 喜入のリュウキュウコウガイ産地 | 特別天然記念物 | 鹿児島 | ||
| 14 | 枇榔島亜熱帯性植物群落 | 特別天然記念物 | 鹿児島 | ||
| 15 | 小湊のハクチョウおよびその渡来地 |  | 特別天然記念物 | 青森 | |
| 16 | 鯛の浦タイ生息地 | 特別天然記念物 | 千葉 | ||
| 17 | ホタルイカ群遊海面 | 特別天然記念物 | 富山 | ||
| 18 | 白骨温泉の噴湯丘と球状石灰石 | 特別天然記念物 | 長野 | ||
| 19 | 秋芳洞 |  | 特別天然記念物 | 山口 | 公式サイト |
| 20 | 蒲生のクス | 特別天然記念物 | 鹿児島 | ||
| 21 | 白馬連山高山植物帯 | 特別天然記念物 | 長野・新潟・富山 | ||
| 22 | 玉川温泉の北投石 |  | 特別天然記念物 | 秋田 | |
| 23 | 狩宿の下馬ザクラ |  | 特別天然記念物 | 静岡 | |
| 24 | 宝生院のシンパク | 特別天然記念物 | 香川 | ||
| 25 | ライチョウ | 特別天然記念物 | 定めず | ||
| 26 | 土佐のオナガドリ | 特別天然記念物 | 定めず | ||
| 27 | 鹿児島県のソテツ自生地 | 特別天然記念物 | 鹿児島 | ||
| 28 | 石徹白のスギ | 特別天然記念物 | 岐阜 | ||
| 29 | 春日山原始林 | 特別天然記念物 | 奈良 | ||
| 30 | 杉の大スギ | 特別天然記念物 | 高知 | ||
| 31 | 屋久島スギ原始林 | 特別天然記念物 | 鹿児島 | ||
| 32 | 東根の大ケヤキ | 特別天然記念物 | 山形 | ||
| 33 | 加茂の大クス | 特別天然記念物 | 徳島 | ||
| 34 | 古処山ツゲ原始林 | 特別天然記念物 | 福岡 | ||
| 35 | 根尾谷断層 | 特別天然記念物 | 岐阜 | ||
| 36 | 大山のダイセンキャラボク純林 | 特別天然記念物 | 鳥取 | ||
| 37 | 牛島のフジ | 特別天然記念物 | 埼玉 | ||
| 38 | 早池峰山及び薬師岳の高山帯・森林植物群落 | 特別天然記念物 | 岩手 | ||
| 39 | 立花山クスノキ原始林 | 特別天然記念物 | 福岡 | ||
| 40 | 鳴沢熔岩樹型 |  | 特別天然記念物 | 山梨 | |
| 41 | 大根島の熔岩隧道 | 特別天然記念物 | 島根 | ||
| 42 | 鬼首の雌釜および雄釜間歇温泉 | 活動停止 | 特別天然記念物 | 宮城 | |
| 43 | カモシカ | 特別天然記念物 | 定めず | ||
| 44 | 八釜の甌穴群 | 特別天然記念物 | 愛媛 | ||
| 45 | トキ | 特別天然記念物 | 定めず | ||
| 46 | タンチョウ |  | 特別天然記念物 | 定めず | |
| 47 | 大島のサクラ株 |  | 特別天然記念物 | 東京 | |
| 48 | 根反の大珪化木 |  | 特別天然記念物 | 岩手 | |
| 49 | 魚津埋没林 | 特別天然記念物 | 富山 | ||
| 50 | アポイ岳高山植物群落 | 特別天然記念物 | 北海道 | ||
| 51 | 浅間山熔岩樹型 | 特別天然記念物 | 群馬 | ||
| 52 | 御岳の鏡岩 |  | 特別天然記念物 | 埼玉 | |
| 53 | 相良のアイラトビカズラ | 特別天然記念物 | 熊本 | ||
| 54 | 夏油温泉の石灰華 |  | 特別天然記念物 | 岩手 | |
| 55 | 内海のヤｯコソウ発生地 | 特別天然記念物 | 宮崎 | ||
| 56 | 根尾谷の菊花石 | 特別天然記念物 | 岐阜 | ||
| 57 | 高知市のミカドアゲハおよびその生息地 | 特別天然記念物 | 高知 | ||
| 58 | 長岡のゲンジボタルおよびその発生地 | 特別天然記念物 | 滋賀 | ||
| 59 | 焼走り熔岩流 |  | 特別天然記念物 | 岩手 | |
| 60 | 湧玉池 |  | 特別天然記念物 | 静岡 | |
| 61 | 薬師岳の圏谷群 | 特別天然記念物 | 富山 | ||
| 62 | オオサンショウウオ | 特別天然記念物 | 定めず | ||
| 63 | 昭和新山 | 特別天然記念物 | 北海道 | ||
| 64 | 羽黒山のスギ並木 |  | 特別天然記念物 | 山形 | |
| 65 | コウノトリ | 特別天然記念物 | 兵庫・福井 | ||
| 66 | 岩間の噴泉塔群 | 特別天然記念物 | 石川 | ||
| 67 | 尾瀬 | 特別天然記念物 | 福島・群馬・新潟 | ||
| 68 | アホウドリ | 特別天然記念物 | 定めず | ||
| 69 | 秋吉台 |  | 特別天然記念物 | 山口 | 公式サイト |
| 70 | カワウソ | 特別天然記念物 | 定めず | ||
| 71 | メグロ | 特別天然記念物 | 定めず | ||
| 72 | 大雪山 | 特別天然記念物 | 北海道 | ||
| 73 | ノグチゲラ | 特別天然記念物 | 定めず | ||
| 74 | イリオモテヤマネコ | 特別天然記念物 | 定めず | ||
| 75 | カンムリワシ | 特別天然記念物 | 定めず |
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